性生活过度或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。

那些过于肥胖的男性要注意了，肥胖时小腹部、耻骨联合部和会阴部等部位脂肪丰满突出使得阴茎看起来短小。

还有尤其是那些从小就肥胖的人，阴茎的发育往往会从小欠佳，就会使阴茎比平常人相对要短小。

包皮如果过长会使得阴茎缺乏生长的必要空间，阻碍男性阴茎的发育和生长。

必要时建议及时做到正规医院做包皮环切手术。

男性的阴茎大小及形态特点，像身体其它器官一样，要受遗传基因的控制与影响，其父母都有嫌疑，母亲因素是出现在抚育胎儿时营养不良导致的。

在青少年发育期间摄入的锌、雄性激素、维生素和相关蛋白营养如果严重不足，缺乏后天能量补充，就会起不到壮大性器官的作用。

男性如果内分泌紊乱、男性激素水平不足、阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎回缩等，也都有可能是造成阴茎短小的原因。
 

现在医学对于阴茎短小的治疗方法主要是手术，手术可以到两个目的，一是延长阴茎，还有就是增粗阴茎。

术后一般可使短小阴茎增长二到五厘米。建议阴茎短小，尤其是过于肥胖的男性朋友及早做这方面的手术。